http://www.nessus.orgからDownloadのページに行くとWin32 
                  download page (client only)
                というリンクがあると思います。
                ページ内にある適当なftpサイトからWinNessus.zipをダウンロードしました。
                解凍するとNessusというフォルダの中にbin,doc,include,libの四つのフォルダが作成されます。
                binフォルダを開き、nessus.exeをダブルクリックします。
                すると次のような画面が立ち上がります。
                
                PrivateKeyを保護するためのPassphraseを入力し、OKボタンを押してください。
                (次のときから、このPassphraseを入力することでNessusの起動画面に移れます。)
                すると次のようなSetup画面が立ち上がります。
                
                Nessusd Hostは接続先のHost名
                Loginは接続するユーザの名前です。
                それぞれ該当する名前を入れてください。
                (接続先とは、チェックをかけるホストではなく、nessusdが起動しているサーバーです。
                ユーザ名は先ほどサーバー側で設定したものです。)
                サーバー側のnessusdを起動します。
                # /etc/rc.d/init.d/nessusd start
                きちんと起動すれば、
                # netstat -ta
                tcp 0 0 *:3001 *:* LISTEN
                …
                のようにポートが開きます。
                (マニュアルには
                portは、かつては3001だったが、近年はIANAにアサインされたポートである1241を使う方が良い。 
                  
                のコメントがあるのでnessusを起動するときには、1241のポートを使用するよう指示をした方が
                良いのかもしれません。)
                そのポートを上記に入力しnessusdにLog inをしましょう。
                正しくログインできたら、どのようなテストをするかをチェックします。
                 Plugins のタブを押すと、以下のようになります。
                
                ここでチェックする項目を選ぶようです。
                "Enable all but dangerous plugins "を押すと、危険ないくつかのテスト以外全てを
                有効にしてくれるそうなので、それをクリックしてみます。
                つづいて Target selectionタブを押して、検査するホストやネットワーク入力します。
                ホストならIP addressかホスト名、ネットワークならネットワークアドレス(192.168.1.0/24など)
                とするそうです。
                
                以上で準備が完了です。
                下の "Start the scan"を押すとテストが開始されます。
                テスト中は下のような感じになります。
                
                結果は以下のような感じです。
                
                丸が赤い場合、重大なセキュリティホールがあるということなので注意が必要です。
                SaveAsを変えることでHTML形式などにも保存できます。
                また、NSRで保存し、Nessusの起動後に"Load Report"を利用すれば
                再度この画面を見ることが出来ます。
                問題のある個所についてはそれぞれコメントがついていますので
                そのコメントを参考に適宜、チェックを入れていきましょう。